La loi de programme pour la recherche de 2006 a confié à l’AERES une mission globale d’évaluation de l’enseignement supérieur et de la recherche. Sa création s’inscrit dans la dynamique qui a conduit à élargir l’autonomie des établissements d’enseignement supérieur. L’agence est chargée :

- D’évaluer les établissements et organismes de recherche, les établissements d’enseignement supérieur et de recherche, les établissements et les fondations de coopération scientifique ainsi que l’Agence nationale de la recherche, en tenant compte de l’ensemble de leurs missions et de leurs activités ;
- D’évaluer les activités de recherche conduites par les unités de recherche des établissements et organismes ;
- D’évaluer les formations et les diplômes des établissements d’enseignement supérieur ;
- De valider les procédures d’évaluation des personnels des établissements et organismes mais n’évalue pas les personnes et de donner son avis sur les conditions dans lesquelles elles sont mises en œuvre. L’agence n’évalue pas les personnes.

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