L'AMETRA06 a pour mission d'accompagner les entreprises dans leur démarche de prévention afin de protéger la santé des salariés et d'assurer leur sécurité tout au long de leur activité professionnelle en intervenant sur 4 axes majeurs, clés d'une stratégie globale de prévention : 
- l'action en entreprise
- la surveillance de l'état de santé
- le conseil aux employeurs
- la traçabilité/la veille sanitaire.

Pour mener à bien ces missions, l'AMETRA06 s'organise en équipes pluridisciplinaires. Animées et coordonnées par les médecins du travail, elles sont composées de médecins du travail, de secrétaires médicales, d'infirmiers en santé au travail et de spécialistes de la prévention des risques professionnels : ingénieurs en prévention, ergonomes, psychologues du travail, assistantes sociales, assistants en santé au travail, techniciens en hygiène et sécurité et formateurs.

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