À l'origine, en 1962, l'œuvre de l'INADES s'identifiait en tous points avec la mission religieuse jésuite qui en était le support. En 2003, le CERAP est distinct de la communauté jésuite et a son propre directeur. Régi depuis lors par des statuts qui lui confèrent une organisation autonome, il devient, par arrêté du ministre de l’intérieur le 15 mars 2010, association ivoirienne.
Les nouveaux objectifs sont de promouvoir l’enseignement social de l’Église en Afrique de l’Ouest, pour l’établissement d’une société plus juste et pacifique, telle que préconisée par la Compagnie de Jésus, et d’une manière générale, la poursuite de toutes autres missions de nature à contribuer à la réalisation de son objet.
Organisation actuelle
Depuis 2014, le CERAP a été  réorganisé en deux pôles :
- le pôle universitaire qui regroupe :
L'IDDH (Institut de la dignité et des droits humains), université privée reconnue par arrêtés ministériels des 21 septembre et 6 octobre 2005 ;
Les EDICERAP (Éditions du CERAP) qui publient des ouvrages universitaires, scientifiques et de haute culture ainsi que la revue mensuelle, Débats – Courrier d'Afrique de l'Ouest.
Le CEDOC (Centre de documentation) qui dispose d’une importante bibliothèque classique et promeut plus récemment une documentation numérique de référence (revue de presse quotidienne, portail permanent).
- le pôle social qui comprend :
L'ASMU (Action sociale en milieu urbain) forme à l’apprentissage accompagné des jeunes de quartiers précaires, et diffuse ses méthodes pédagogiques originales à l’intérieur du pays.
Le Service Projet qui conduit divers projets financés par des partenaires tels que l’Union européenne, l’Ambassade de France en Côte d’Ivoire, l’Ambassade du Canada, le PNUD, le FNUD etc.

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