La MSHE développe et soutient des programmes de recherche en sciences humaines et sociales dans une interdisciplinarité élargie aux sciences de l'environnement, de la santé et aux sciences et techniques. Elle est également engagée dans le partage et la co-construction de savoirs avec et pour la société.

La MSHE est aussi une fédération de recherche (FED 4209), reconnue par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche depuis le 1er janvier 2012. Elle fédère les unités de recherche francs-comtoises du domaine des sciences humaines et sociales (SHS) ou comportant une équipe SHS en leur sein.
La MSHE est l’une des unités du Réseau national des Maisons des sciences sociales et des humanités (RnMSH) et en respecte la charte.

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