Instalado no dia seis de janeiro de 1989, a história do Tribunal de Justiça do Tocantins tem início com a criação do estado. 
Ao ser desmembrado de Goiás, com a aprovação da Constituição Federal de 1988, a mais nova unidade da federação recebeu como herança um território de 286.966 km², aproximadamente 1,1 milhão de habitantes, 80 municípios e 20 Comarcas. Na época, apenas cinco juízes optaram por atuar no recém-criado estado e se concentravam em um raio de aproximadamente 150 quilômetros da Capital provisória, Miracema. 
No dia da instalação oficial do Estado do Tocantins (1º de janeiro de 1989), ampliou-se o número de Comarcas e o estado passou a contar com 17 comarcas de Primeira Entrância, oito de Segunda Entrância e quatro de Terceira Entrância. Posteriormente, no mês de agosto de 1989, foram criadas mais três comarcas, totalizando 32.
Em 1º de fevereiro de 1995, foi inaugurada e instalada a sede definitiva do Tribunal de Justiça, em Palmas, e recebeu o nome de Palácio Rio Tocantins.
Hoje, a Corte é composta por 12 desembargadores, sendo nove da Magistratura, dois do Ministério Público e um da Advocacia.

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