Créé par Arrêté N° 37/PR/PM/MSP/SE/SG/DGRP/DRH/2007 du Ministère de la Santé Publique et Arrêté N° 396/PR/PM/MESRSFP/10 du Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche Scientifique et de la Formation Professionnelle, l’Institut des Sciences de la Santé et de l’Assainissement Toumaï (ISSAT) est un modèle dans la formation en santé.   Le Ministère de la Santé Publique et de l’Action Sociale a décerné à l’ISSAT le Prix de Meilleur Institut Privé de Santé après une évaluation faite par une équipe de l’OMS et du Ministère de la Santé Publique. De même, le Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche Scientifique et des Innovation a classé l’ISSAT parmi les Premiers Meilleurs Instituts Privés Supérieurs lors des différentes inspections. Par la qualité de ses partenariats (Universités  de N’Djamena, Lomé, Abomey Calavi – Bénin à travers IS-FOSAP), de ses enseignants de haut niveau, de ses infrastructures (bibliothèque, salle d’informatique, amphithéâtres, laboratoires, salles de démonstration, etc.) et de sa formation en général, l’Institut des Sciences de la Santé et de l’Assainissement Toumaï et l’Institut Polytechnique des Nouvelles Technologies (IPNT) ont eu l’agrément de fonctionner en Université Toumaï le 06 décembre 2017 par l’Arrêté N°700/PR/PM/MESRI/SEESRI/SG/DGESRI/DES/2017. L’Université Toumaï est membre fondateur du Réseau International des Institutions Privées d’Enseignement Supérieur/CAMES. 
L’Université Toumaï est structurée en Faculté des Sciences de la Santé et Assainissement et Faculté des Sciences et des Technologies.
La Faculté des Sciences de la Santé et de l’Assainissement comporte les Départements suivants : Département des Sciences Biomédicales et Pharmaceutiques, Département de l’Environnement et Département des Paramédicaux.
La Faculté des Sciences et des Technologies comporte le Département de Management et Finances et le Département de l’Informatique et Télécommunication.

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